Centrum aktywnie uczestniczy w pracach nad rozwijaniem i wdrażaniem europejskiego systemu monitorowania narkotyków i narkomanii. Monitoring ma na celu zbieranie i analizowanie danych dotyczących skali zjawiska w Europie i w poszczególnych krajach europejskich, jak również informacji o przeciwdziałaniu narkomanii. W obszarze epidemiologii prace koncentrują się przede wszystkim na pięciu kluczowych wskaźnikach EMCDDA. Ponadto CINN KBPN zbiera i analizuje dane dotyczące działań mających na celu ograniczanie zjawiska, w szczególności koncentrując się na danych z obszaru redukcji podaży na narkotyki oraz redukcji szkód.  Pracownicy CINN KBPN oraz eksperci z instytucji współpracujących z Centrum biorą udział w corocznych spotkaniach ekspertów oraz w grupach roboczych. Efektem prac CINN KBPN jest coroczny Raport Krajowy przygotowywany dla EMCDDA. Ponadto dane przekazywane są do EMCDDA w postaci tabel standardowych oraz ustrukturalizowanych kwestionariuszy. Raporty Krajowe oraz dane z tabel dostępne są na stronie EMCDDA.
W ramach współpracy z EMCDDA działa w Polsce System Wczesnego Ostrzegania o Nowych Narkotykach.